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Manjavacas es una de las mayores lagunas manchegas, con más de 200 hectáreas en su máxima inundación. También endorreica y estacional, su profundidad es raramente superior a 50 cm. Sus aguas son de salinidad media, de tipo mixta sulfatada-clorurada. Recibe el vertido de aguas residuales de Mota del Cuervo.
 
Habitualmente llega a desarrollar praderas de vegetación sumergida, en las que domina Ruppia drepanensis, aunque la eutrofia provocada por el aporte de nutrientes amenaza su persistencia. La vegetación marginal es halófila, aunque también presenta una zona de carrizal inducida por los vertidos.
 
La avifauna es muy abundante. En invierno abundan los patos, sobre todo el pato cuchara, el ánade silbón, el porrón común, el ánade real...eventualmente puede observarse tarro blanco, y no son infrecuentes citas de aves raras, como la havelda. Al final de la primavera –entre mayo y junio-, si el año ha sido lluvioso, millares de limícolas criarán en las ralas orillas: avocetas, cigüeñuelas, chorlitejos patinegros, etc. ofrecerán un griterío ensordecedor, junto con las pagazas piconegras que crían en las islas.
 
Algunas de las lagunas manchegas que hoy ofrecen mayor interés ornitológico son precisamente las que han sido más intervenidas por el hombre, que ha modificado su ciclo hídrico natural fluctuante, transformándolo en más estable, gracias al aporte de las aguas residuales urbanas. Es el caso de Manjavacas.
 
En una primera fase de “respuesta” frente al vertido, estas lagunas, con niveles hídricos altos y escasamente oscilantes, procesan toda la contaminación convirtiéndola en vegetación sumergida, como ocurre en Manjavacas, cuyo sistema podría calificarse de eutrófico, con altas concentraciones de fósforo y nitrógeno. Su fauna, en esta situación, es excepcionalmente abundante, ya que encuentra condiciones muy propicias para su presencia.
 
En un estadio más avanzado de contaminación, el hipertrófico, los macrófitos acuáticos dejan de reciclar los nutrientes y la producción de biomasa se desvía a través de algas –fundamentalmente cianofíceas-, dando al agua un aspecto verdoso oscuro. En esta fase –en la que se encuentran las lagunas de Pedro Muñoz y Los Charcones de Miguel Esteban-, en la que se dan altísimas concentraciones de nutrientes, las aves siguen presentes, aunque se han modificado radicalmente las comunidades, con respecto a las que se encontraban originariamente.