La laguna de Manjavacas es de carácter estacional y aguas salinas, con unas concentraciones de sales disueltas que varían entre 10 y 34 g/l.

Sus recargas se deben fundamentalmente a tres tipos de aportes:

1. El aporte de aguas subterráneas, flujos locales que provenían de los relieves calizos del sistema acuífero nº 19 (Sierra de Altomira).
2. El aporte de aguas superficiales. Las actuales acequias del Rollo y Madre eran te pequeños arroyos que drenaban los relieves calizos y desaguaban en la laguna.
3. Aportes pluviales.

En las dos últimas décadas, a estos tres tipos de aportes debe añadirse uno nuevo: las aguas residuales que proceden del núcleo urbano de Mota del Cuervo, y que canalizadas por la acequia Madre desembocan en la laguna. Tras el descenso generalizado de los niveles acuíferos de la zona, los aportes pluviales y los vertidos de aguas residuales tienen un papel dominante en la evolución hídrica del humedal.

Desde el punto de vista hidroquímico, la laguna de Manjavacas no ha variado durante los últimos veinte años. No obstante, y debido a su carácter fluctuante, la salinidad de las aguas varía de forma muy acusada dependiendo del volumen de agua embalsada. Puede concluirse que Manjavacas es una laguna mesohalina, con unas conductividades extremas de 10-40 mS/cm. Las aguas son mixtas, de tipo cloruradosulfatado-magnésicosódico (cálcico), con unas relaciones iónicas medias de Cl-/SO42-=1'25, Mg2+/Na+ = 1'87, Mg2+/Ca2+ = 6'97 y Na+/Ca2+ = 3'76.

La calidad de las aguas se puede considerar como hipertrófica debido al efecto contaminante del vertido de Mota del Cuervo.