La flora y vegetación acuática y terrestre que vive en la laguna reflejan el carácter salino de la cubeta y la estacionalidad de las aguas.

En los años en que la permanencia del agua lo permite se desarrollan formaciones acuáticas pertenecientes a las clases Charetea y Ruppietea. Las praderas subacuáticas de carófitos están constituidas por Lamprothmnium papulosum (Lamporthamnietum papulosi), especie en peligro de extinción, y Chara galioides (Charetum galioides). La vegetación cormofítica acuática, en este caso, está formada por densas masas de Ruppia drepanensis (Ruppietum drepanensis), entre las que ocasionalmente puede encontrarse Ranunculus peltatus subsp. peltatus. Destaca la presencia de Riella helicophylla, especie de interés comunitario reseñada en el Anexo II de la Directiva Hábitat (Directiva 92/43/CEE de 21 de mayo relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres).

La vegetación helofítica (clase Phragmitetea) está poco representada. Los carrizales de Phragmites australis Typho-Scirpetum tabernaemontani) colonizan los pequeños canales que desembocan en la laguna, y contactan con poblaciones poco extensas de castañuela, Scirpus maritimus (Scirpetum compacto-littoralis).

En los bordes de las laguna, sobre suelos brutos, salinos, y con encharcamiento temporal, se instalan formaciones de plantas anuales suculentas (clase Thero-Salicornietea) dominadas por Salicornia ramossisima (Suaedo splendentis-Salicornietum ramossisimae). Al disminuir la humedad edáfica aparecen praderas graminoides vivaces (clase Juncetea maritimi) caracterizadas por Puccinella fasciculata y Aeluropus littoralis (Aeluropo-Puccinellietum fasciculatae), que se mezclan con diversas comunidades anuales halonitrófilas (clase Saginetea maritimae) de pequeño porte, en las que abundan Frankenia pulverulenta (Parapholi-Frankenietum pulverulentae), Hordeum marinum (Polypogo-Hordeetum marini) y Cressa cretica (Cressetum creticae). Por último, destaca la presencia de comunidades de matorrales mediterráneos continentales halófilos constituidos por diversas especies de Limonium (clase Arthrocnemetea, orden Limonietalia), como L. Latebracteatum, L carpetanicum, L. supinum y L costae (Limonietum latebracteato-tournefortii), que culminan la hidroserie que comienza con la vegetación sumergida. Es destacable el hecho de que este orden aparece reseñado en el Anexo I de la Directiva Hábitats (código 15.18., estepas salinas) como hábitat de interés comunitario prioritario (Directiva 92/43/CEE de 21 de mayo relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres).