Contrariamente a la mayoría de las lagunas estacionales de la zona, salvo años excepcionalmente secos, su estiaje no suele durar más de tres o cuatro meses. La existencia de densas praderas de vegetación sumergida posibilita la presencia de especies fitófagas, como el pato colorado (Netta rufina), fundamentalmente en la época prenupcial. Algunos años cría en número reducido.

Durante la época invernal, normalmente predominan las ánatidas de superficie, como el ánade silbón (Anas penelope), la cerceta común (A. Crecca), el ánade real (A. platyrhynchos), el pato cuchara (A. clypeata), el ánade rabudo (A. acuta) e incluso especies típicas de lagunas salinas o áreas intermareales, como el tarro blanco Tadorna tadorna. En años excepcionales de agua no son infrecuentes pequeños grupos de anátidas buceadoras, caso de los porrones común y molludo (Aythya ferina y A. fuligula).

Durante la primavera, y hasta la completa desecación de la laguna, aparece una interesante comunidad de limícolos y larolimícolos reproductores, donde destacan la cigüeñuela (Himantopus himantopus), Avoceta (Recurvirostra avosetta), Canastera (Glareola pratincola), Chorlitejo patinegro (Charadrius alexandrinus) y Pagaza piconegra (Gelochelidon nilotica), hasta 350 parejas, que instala sus nidos si las islas están separadas por una lámina de agua del exterior. Ligados a los carrizales del punto de vertido de las aguas residuales, aparecen nidificando paseriformes como el buitrón (Cisticola juncidis), buscarla unicolor (Locustella luscinioides) y carricero común (Acrocephalus scirpaceus). Tiene interés también la cita de cría de dos parejas de cerceta carretona (Anas querquedula) en 1988.

La laguna de Manjavacas, en condiciones de inundación, presenta además una alta capacidad de acogida de aves migratorias, especialmente limícolos en migración prenupcial y postnupcial, destacando el chorlitejo grande (Charadidus hiaticula), chorlitejo chico (Ch. Dubius), chorlitejo patinegro (Ch. Alexandrinus), chorlito dorado (Pluvialis apricaria), chorlito gris (P. Squatarola), vuelvepiedras (Arenaria interpres), correlirnos gordo (Calidris canutus), correlimos menudo (C. minuta), correlimos de Temminckii (C. temminckii), correlimos zarapitín (C. ferruginea), correlimos común (C. alpina), combatiente (Philomachus pugnax), aguja colinegra (Limosa limosa), archibebe oscuro (Tringa erythropus), archibebe común (T. totanus), archibebe fino (T. stagnatilis), archibebe claro (T. nebularia), andarríos bastardo (T. glareola), aguja colipinta (L lapponica), zarapito real (Numenius arquata), zarapito trinador (N. phaeopus), agachadiza común (Gallinago gallinago) y la agachadiza chica (Lymnocriptes minutus). Son muy conspicuos el paso prenupcial del fumarel común (Chlidonias niger) y la ocasional presencia postnupcial del flamenco (Phoenicopterus ruber).

Algunas aves registradas en esta laguna de forma esporádica son el andarríos del Terek (Xenus cinereus), la gaviota cabecinegra (Larus melanocephalus), el fumarel aliblanco (Chlidonias leucopterus) y la espátula (Platalea leucorodia).

Durante el año 1997 crió la malvasía (Oxyura leucocephala), estando presente de forma continuada en la laguna durante el mismo año y el presente.